El padre Alfonso trabajaba en una parroquia urbana de la ciudad de San Salvador. Su predicación profética, tanto en las homilías y la catequesis parroquial como en las aulas de religión que daba en el Colegio Guadalupana y Asunción, disgustó a las minorías opresoras. Una de sus alumnas, hija de un militar de rango, pasó grabaciones de las clases del sacerdote a los órganos de seguidad.

Colocaron dinamita en la cochera de la casa parroquial, con lo cual quedó destruído completamente el carro. El padre se salvó por cuestión de segundos.

Su casa simpre estaba llena de jóvenes de los movimientos parroquiales. La policia de los órganos de seguridad lo vigilaba. El dia 11 de mayo de 1977 hubo un momento en el que casi todos habían salido; aprovecharon entonces para invadir la casa y balacear al padre, así como al único joven que había quedado ahí, Luisito Torres de 14 años.

Mientras llevaban al padre al hospital, los vecinos que acudieron a socorrerlo le oyeron decir: "sé quién fue el que me mató, pero también quiero que sepan que los perdono".